Du reizt die Optionen für deinen Java Screen ja komplett aus washoffe du weisst auch was das alles bedeutet und bewirkt?
Ansonsten belass es doch testweise mal bei:
#!/bin/sh
java -Xms10240m -Xmx16384m -jar craftbukkit-beta.jar nogui
@chrissiriv
Welche Craftbukkit-Version nutzt du denn?
Ich nutze den aktuellen Beta Build! Craftbukkit 1.4.5-R.02